卵巢巧克力囊腫是女性卵巢發生囊腫，其內含的物質狀似巧克力，故得名「巧克力囊腫」，

它的學名是卵巢子宮內膜異位囊腫，是子宮內膜異位症的一個類型。

子宮內膜異位症顧名思義是指本應生長在子宮腔的內膜「跑」到宮腔以外的其他部位生長而引起的疾病。

原本，子宮內膜是覆蓋於宮腔裡面的一層具有強大再生和轉化能力的上皮，在雌激素、孕激素的調控下發生周期性的改變。

它要麼定期脫落，混跡於經血排出體外，要麼成為受精卵發育的溫床。

部分「叛逆」的子宮內膜細胞逃離了宮腔總部，在盆腔腹膜、卵巢、子宮表面、宮骶韌帶、腸道、膀胱、輸尿管、剖宮產和會陰側切傷口等部位安營紮寨，便會引發盆腔疼痛、不孕症、盆腹腔包塊、子宮異常出血以及受累器官出現相應的一系列癥狀，統而稱之為子宮內膜異位症（簡稱內異症）。

臨床上根據內膜異位的部位以及嚴重程度分為：腹膜型、卵巢型和深部結節型。這三種類型常常同時並存，其中卵巢是子宮內膜異位最常見的部位，佔20%～40%。所以當提起子宮內膜異位症，人們首先想到的是卵巢巧克力囊腫。

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